Według autora natchnionego, miasta zostały pochłonięte przez ogień i siarkę, a mieszkańcom nakazał Bóg uciekać w góry, co oznacza, że nizinne części regionu miały być zalane przez wody. Czy tę biblijną relację można w jakikolwiek sposób potwierdzić lub jej zaprzeczyć danymi naukowymi? Tradycyjne lokalizacja miast umieszcza je w okolicach Morza Martwego. Jeśli przyjąć za wiarygodną relację Biblii, że miasta legły w gruzach, należy przypisać ten efekt trzęsieniu ziemi. Czy w czasach, o których opowiada Biblia, tereny nad brzegami Morza Martwego były nawiedzane trzęsieniami ziemi? Pomocnym w odpowiedzi na to pytanie okazuje się znalezisko szkieletu człowieka około dwudziestoletniego, który poniósł natychmiastową śmierć, doznając wielu złamań kości. Paleontolodzy wskazują, że złamania tego typu, które widoczne są na kościach kształtującego się jeszcze organizmu, są najczęściej skutkami działań trzęsienia ziemi. Datacja szkieletu jest klarowna. Nawet gdyby granice błędu były duże, mieszczą się w ramach przedziału 2800-2300, a więc w latach, kiedy żył biblijny Lot. Sam fakt trzęsienia nie dowodzi jednak jeszcze, że istniały w tych rejonach miasta. Więcej nawet, teoretycznie powstawanie skupisk ludzkich nad brzegiem słonego morza, gdzie nie ma roślinności i znajdują się małe ilości dostępnej wody pitnej, jest mało prawdopodobne. Początkowo wykopaliska potwierdziły jedynie istnienie kilku domostw. Za istnieniem miasta przemówiły dwa argumenty. Po pierwsze, odkopano pomieszczenie, które zidentyfikowano jako tłocznia oliwy. Takie istniały tylko w miastach. Po drugie, bogactwem wybrzeży Morza Martwego był asfalt. Udowodniono ponad wszelką wątpliwość, że asfalt znad Morza Martwego eksportowano do Egiptu. Używano go nie tylko do sporządzania mumii (staroegipskie słowo „mumia” oznacza właśnie „asfalt”), ale także jako spoiwo przy budowlach i klej łatający przecieki w okrętach. Należy więc przypuszczać, że właśnie asfalt stał się siłą przyciągania dla ludności osiedlającej się nad słonym zbiornikiem wodnym. Wydobywając go i sprzedając, mogli utrzymywać swoje rodziny i bogacić się.
Kolejny powstający problem to ogień. Skoro Biblia twierdzi, że Sodoma i Gomora zginęły w ogniu, trzeba wyjaśnić jego naturę. Dziś przy trzęsieniach ziemi łatwo o pożary, gdyż wszechobecna elektryczność, gdy zostaje zaburzona, może je łatwo powodować. W czasach istnienia nadmorskich miast pożary brały się nie tylko z powodu przewrócenia się lamp oliwnych, ale także z powodu faktu, iż asfalt łatwo się palił.
Dlaczego jednak Bóg nakazał ucieczkę w góry? W jaki sposób miasto podległe trzęsieniu ziemi i poddanie działaniu ognia mogło znaleźć się pod wodą? Okazuje się, że powierzchniową warstwę gleby stanowiła glina, jakby ciekła i zastygła skała, która w żaden sposób nie przepuszczała wody. Dlatego między innymi brak roślinności na tych terenach. Gdy nastąpiło trzęsienie, dolne warstwy gleby uległy podmyciu wodą Moską i rozpuszczeniu. Nastąpił proces tzw. uwodnienia. Ponieważ woda z trudem przebijała się na zewnątrz, całe płaty powierzchni mieszkalnej, z domostwami i miejską infrastrukturą, jakby ślizgając się na rozwodnionych warstwach wewnętrznych, przesuwały się w kierunku morza. Badania pokazują, że przesunięcia te mogły sięgać kilku kilometrów. Z tego właśnie powodu Sodoma i Gomora znalazły się pod wodami Morza Martwego.